Fabian Enders wurde – wie Giacomo Meyerbeer – in Rüdersdorf bei Berlin geboren und wuchs im brandenburgischen Schöneiche auf.
Durch seine Großmutter, die Opernsängerin Margarete Herzberg (Händel-Preis der Stadt Halle) und seinen Großonkel Kammersänger Werner Enders (Komische Oper Berlin) kam er frühzeitig zur Musik.
Zur Ausbildung am Klavier kam Orgelunterricht bei KMD Lothar Graap und KMD Erich Piasetzki.
In den Jahren 2001 bis 2006 besuchte Enders das musikbetonte Georg-Friedrich-Händel-Gymnasium in Berlin.
In dieser Berliner Zeit konnte er Erfahrungen als Solist an der Orgel, Generalbassspieler und Dirigent vor Orchester und Chor sammeln.
Mit 18 Jahren dirigierte er erstmals öffentlich ein Orchester in der Berliner Marienkirche. Als Pianist und Kammermusiker ging er mehrfach als Erster Landespreisträger und als Bundespreisträger aus dem Wettbewerb „Jugend musiziert“ hervor.
2007-2012 studierte Enders an der Hochschule für Musik und Theater „Felix Mendelssohn Bartholdy“ Orchesterdirigieren mit dem Hauptfach Klavier und parallel dazu Chordirigieren. Er schloss erfolgreich als Diplomdirigent für Musiktheater und Konzert ab.
Prägend war für ihn vor allem die Arbeit mit Peter Schreier (als Assistent und in Meisterklassen). Eine enge Zusammenarbeit verband ihn mit Prof. Hans-Joachim Rotzsch, der ihm als Berater und Mentor zur Seite stand.
Im Rahmen des Studiums dirigierte er in zahlreichen Arbeitsphasen das MDR-Sinfonieorchester und die Jenaer Philharmonie.
2008 dirigierte Enders erstmals ein Bühnenwerk im Rahmen der Mendelssohnfesttage Leipzig, „Die beiden Pädagogen“, ein frühes Werk von Felix Mendelssohn.
2009 wurde ihm die Leitung der Leipziger Erstaufführung von Francis Poulencs „Les mamelles de Tirésias“ anvertraut.
in den Jahren 2010-2013 brachte er mit dem Thomanerchor Leipzig zahlreiche Chorwerke von A. Bruckner, J. S. Bach, Kurt Thomas und Felix Mendelssohn zur Aufführung.
2010 erhielt er das Bayreuth-Stipendium des Richard-Wagner-Verbandes, 2011 das Stipendium der Bachwoche Ansbach und 2013 das Stipendium der Internationalen Sommerakademie Mozarteum Salzburg.

Während des Studiums begann im Januar 2011 seine Tätigkeit an der Oper Chemnitz. 2012 wechselte er als Kapellmeister zur Erzgebirgischen Philharmonie. In dieser Zeit dirigierte er neben zahlreichen Orchesterkonzerten Werke des Musiktheaterrepertoirs wie u. a. „Der Freischütz“, „Le nozze di Figaro“, „My fair Lady“ und als Gastdirigent der Philharmonie Neubrandenburg „Die Zauberflöte“.
Enders ergänzte seine Studien an der Internationalen Mendelssohn-Akademie und wurde als Meisterschüler von Kurt Masur ausgewählt. Mit ihm gemeinsam dirigierte er in einem von Masurs letzten Konzerten im September 2013 das Leipziger Symphonieorchester. Im Bereich Kunstlied war er in den Sommerkursen 2014-2018 Meisterschüler von Peter Schreier, mit dem Enders bis zu Schreiers Tod einen intensiven künstlerischen Austausch pflegte und von dem er wichtige Anregungen zur Interpretation erhielt. So dirigierte Peter Schreier in seinem letzten Konzert am 24. Februar 2018 den Sächsischen Kammerchor, wobei Enders die Partie des Cembalisten übernahm.
In der Internationalen Sommerakademie Mozarteum Salzburg studierte Enders bei Prof. Dr. Peter Gülke. 2014 wurde Enders in die Internationale Meisterklasse Berlin aufgenommen und war erstmals als Dirigent des Rundfunkchors Berlin in einem Konzert zu erleben. Simon Halsey und Grete Perdersen waren hier seine Dozenten. Ergänzend zu seinen Studien legte Enders die A-Prüfung als Kirchenmusiker ab (Orgel bei Matthias Jacob und Wolfgang Kupke).

Zum Bachfest 2014 nahm Enders mit einer Aufführung der Bachkantate „O ewiges Feuer, o Ursprung der Liebe“ in der Thomaskirche Leipzig die kontinuierliche Arbeit als Künstlerischer Leiter des Sächsischen Kammerchores und der Mitteldeutschen Virtuosen auf. Seither widmet er sich vor allem den sinfonischen und chorsinfonischen Werken des 18. bis 21. Jahrhunderts. Er brachte mit dem Mitteldeutschen Kammerorchester (Konzertmeister Prof. Andreas Hartmann) die Oratorien „Elias“ (2016), Matthäuspassion (2017), „Paulus“ (2017) und mit dem Philharmonischen Orchester des Staatstheaters Cottbus Gustav Schrecks vergessenes Oratorium „Christus, der Auferstandene“ (2018) neben zahlreichen Werken J. S. Bachs in der Leipziger Thomaskirche zur Aufführung. Enders dirigierte Uraufführungen im chorsymphonischen Bereich wie Steffen Schleiermachers Szenen „Ich. Thomas Müntzer. Knecht Gottes“ (2017), die anlässlich der Jubelfeier der Reformation mit dem Philharmonischen Orchester Altenburg-Gera erklungen.
Seine erste Schallplattenaufnahme dirigiere er im Mai 2016 (Motetten auf Gesänge Martin Luthers (querstand)) und legte seither zahlreiche weitere Einspielungen vor. 2019 war die Weltersteinspielung von Gustav Schrecks Oratorium (Rondeau / Deutschlandfunk Kultur) unter seiner Leitung für den OPUS KLASSIK nominiert.
2017 begann die Zusammenarbeit mit dem RIAS Kammerchor, die inzwischen sieben Produktionen umfasst, teils als CD-Einspielungen vorliegend.
Assistenzen und Einstudierungen führten ihn in Berlin, Wien, Dresden und Salzburg zu Dirigenten wie Sir Simon Rattle (Berliner Philharmoniker), Peter Schreier (Dresdner Kapellsolisten), Iván Fischer (Budapest Festival Orchestra), Robin Ticciati (Deutsches Symphonie-Orchester Berlin), Yutaka Sado (Tonkünstler-Orchester Österreich), Giovanni Antonini (Il Giardino Armonico), René Jacobs, Gottfried von der Goltz (Freiburger Barockorchester) und Helmuth Rilling.
CD-Einspielungen des Dirigenten erschienen bei Rondeau Productions, querstand, harmonia mundi. Konzertmitschnitte und Produktionen wurden von Deutschlandfunk Kultur, Radio France, Österreich 1 (Ö 1), Kulturradio vom rbb, SWR 2 u. a. Rundfunkanstalten ausgestrahlt. Der Musiker ist in zahlreichen Festivals zu erleben so etwa beim MDR Musiksommer (2015), Bachfest Leipzig (2014, 2016, 2017, 2019, 2020), Schumanniade (2016), Merseburger Orgeltage (2019), Mozartwoche Salzburg (2019) u. a.
2020 / 2021 leitet Enders Konzerte sowie Aufnahmen mit der Philharmonie Brünn, der Philharmonie Posen, dem Orchester Sturm und Drang, dem Vocalconsort Berlin und dem Sächsischen Kammerchor.